Kansalaisjärjestöillä on keskeinen asema Pohjoismaiden ministerineuvoston, Baltian maiden ja Luoteis-Venäjän välisessä yhteistyössä, joka liittyy useisiin ministerineuvoston painopistealueisiin, kuten ympäristöön ja demokratiakehitykseen. Kansalaisjärjestöillä on niin ikään keskeinen rooli verkostojen rakentamisessa sekä Itämeren alueen rajat yrittävässä yhteistyössä.

Pohjoismaiset yhteistyöministerit hyväksyivät syksyllä 2008 uudet suuntaviivat Luoteis-Venäjän ja Baltian maiden kanssa tehtävälle yhteistyölle vuosiksi 2009–2013. Suuntaviivoissa korostetaan nimenomaan, että kansalaisjärjestöillä on avainasema Luoteis-Venäjä- ja Baltia-yhteistyössä.

Pohjoismaiden ministerineuvosto julkisti kansalaisjärjestöohjelman alun perin vuonna 2006 edistääkseen pohjoismaisten, balttilaisten, puolalaisten, valkovenäläisten ja venäläisten kansalaisjärjestöjen välistä yhteistyötä. Sittemmin on rahoitettu yli 40:tä hanketta noin 2,3 miljoonalla eurolla. Hankkeet ovat liittyneet esimerkiksi ympäristöön, lasten ja muita heikommassa asemassa olevien ryhmien suojeluun sekä demokratiakehitykseen.